Saizansu

箱はありませんでした。

箱無しでした

クリアランスが狭いための摩擦熱だと思います。むしろ暖かくなったほうが回転がスムーズですので、熱による膨張を考慮した仕様と推察します。

電池の蓋の裏にブラシはくっついています

他の方も仰っていますが、金属に対してはプライマー効果はありません。
金属系の素材に塗るならクレオスのメタルプライマーを使用すべきだと思います。
レジンパーツに対してはそれなりに効果がありました。

いち購入者としての回答ですが
金属部が極端に熱くなると気になったことはないです。確かに長時間使うと温かくなる感じです。
私も掃除用ブラシはなかった気がしますが、さほど重要でないと思っていました。
私ははずしてトントンと刃の反対側を叩いて汚れを落としています。
記載があるとは気づきませんでした。
ご質問の内容からすると、ここではなくパナのメーカー問い合わせサイトで問い合わせてはいかがでしょう？

1、1.5、2、2.5、3.0です。

品番をググれば出ますよ？

No.49. ベーシックドリル刃セット
（1，1.5，2，2.5，3mm）
だそうです。

遅くなり申し訳ありません
ミスターホビーのラッカー(溶剤用)、またはレベリングうすめ液がおすすめです。

溶剤はラッカーシンナーです。
水性の商品には、目立つ位置に水性と書いております。

Mrカラーはラッカー系塗料です。プラスチックに対しては相性が良く、塗料の食いつきが良いです。私は金属用にエアーブラシで使用していますが、問題ありません。金属用より落ち着いた色合いが出せます。

自分は長い間、Mr.カラー専用のうすめ液を利用しています。

同じ、ミスター・カラーのシンナーを使用しております。
タミヤ製品にも使用しておりますが問題はなさそうです。