RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ [単行本]
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RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ [単行本]

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出版社:羊土社
販売開始日:2019/11/29
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RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ の 商品概要

  • 目次

    Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える~Mac+Biocondaを中心に

    Chapter 2 データを入手する
    (1)RNA-Seqの注意点~外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
    (コラム)RNA-Seq vs マイクロアレイ
    (2)公共データの利用~AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析

    Chapter 3 転写産物の発現を定量する
    (1)リファレンスゲノムにマッピングする方法①~HISAT2+StringTie
    (2)リファレンスゲノムにマッピングする方法②~STAR+RSEM
    (コラム)Strand NGS~RNA-SeqデータをGUIで解析する
    (3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法~salmon,kallisto,tximport
    (FAQ)RNA-Seq定量にまつわるFAQ
    (4)転写開始点を解析する方法~CAGE
    (コラム)各種ツールの実行時間比較

    Chapter 4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う

    Chapter 5 発現変動遺伝子群を検出する

    Chapter 6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する~エンリッチメント解析
    (コラム)Ingenuity Pathway Analysis~発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
    (コラム)アノテーション情報とID変換~Gene Ontology,BioMart,Spotfire

    Chapter 7 多数のサンプル間の類似度を比較する~1細胞RNA-Seqの場合
    (1)次元削減と可視化
    (2)類似度の計算とクラスタリング
    (コラム)1細胞RNA-Seq解析の動向

    Chapter 8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う~iDEP

    Chapter 9 論文投稿に必須! データを登録・公開する~DRA,GEA
    (コラム)解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう

    索引
  • 出版社からのコメント

    一流シェフ(データサイエンティスト)のとっておき,教えます.
  • 内容紹介

    医学・生命科学で細胞の特性や差異の解析に汎用されるRNA-Seqは,データをどう料理するかが腕の見せどころ.PC 1台から実践できる一流シェフ(データサイエンティスト)のレシピを,みんなのラボへ.

RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ の商品スペック

商品仕様
出版社名:羊土社
著者名:坊農 秀雅(編)
発行年月日:2019/12
ISBN-10:4758122431
ISBN-13:9784758122436
判型:規大
対象:専門
発行形態:単行本
内容:医学・薬学・歯学
付録:有
言語:日本語
ページ数:255ページ
その他:実験医学別冊

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