東大式　生命データサイエンス即戦力講座 [単行本]

東大式　生命データサイエンス即戦力講座 [単行本] の 商品概要

• 目次

  第一部　生命データサイエンスの基礎体力づくり
  第1章　Unix系環境の準備
  1　環境構築のための計算機の準備
  2　プラットフォームごとの環境の準備
  第2章　データ解析に向けたUnix系環境の使い方
  1　コマンドラインシェル（コマンドインタプリタ）
  2　パッケージマネージャ
  他
  第3章　Pythonによるデータ解析の基礎
  1　Pythonの起動と実行
  第4章　Pythonによるデータ解析の実践
  1　実践：matplotlibによるグラフの描画
  2　実践：VCF形式ファイル内の変異の集計
  第5章　R言語によるデータ解析の基礎と実践1
  1　解析環境とRのインストール
  2　パッケージのインストール
  他
  第6章　R言語によるデータ解析の実践2
  1　実践：DEG解析
  2　実践：階層的クラスタリング・ヒートマップ描画
  他
  第7章　スパコン利用のためのはじめの一歩
  1　大規模計算機での解析
  2　国内におけるスパコンについて
  
  第二部　生命データサイエンスの実践
  第1章　オミクス解析の準備
  1　オミクス解析外観
  2　オミクスシークエンス解析
  他
  第2章　ゲノム解析
  1　実践：ゲノムシークエンスデータからの点変異の検出
  2　その他のゲノム解析手法・ツールについて
  第3章　トランスクリプトーム解析
  1　実践：RNA-seqデータからの発現量算出とヒートマップ描画
  第4章　エピゲノム解析
  1　実践：ChIP-seqデータからのヒストン修飾のパターン解析
  2　その他のエピゲノム解析手法
  第5章　シングルセル解析1
  1　実践：scRNA-seqデータの一次解析
  2　実践：scATAC-seqデータの一次解析
  ［Column］計測技術の進展とデータ量
  第6章　シングルセル解析2
  1　実践：scRNA-seqデータからのクラスタリングと細胞種同定
  2　実践：scATAC-seqデータからのクラスタリングとcoverageプロットの作成
  他
  第7章　ロングリード解析
  1　実践：全長cDNA-seqデータからの発現量算出と短鎖RNA-seqデータとの比較
  2　実践：長鎖ゲノムシークエンスデータからの構造変異の検出
  他

• 出版社からのコメント

  インフォマティクス知識ゼロからでも，「論文を書ける」まで導く

• 内容紹介

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