改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実(実験医学別冊) [単行本]
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改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実(実験医学別冊) [単行本]

価格:¥5,500(税込)
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出版社:羊土社
販売開始日: 2023/09/28
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改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実(実験医学別冊) の 商品概要

  • 目次

    【目次】
    Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える

    Chapter 2 データを入手する
    (1)RNA-Seq の注意点~外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
    (コラム)RNA-Seq vs マイクロアレイ
    (2)公共データの利用~SRAからのデータ取得

    Chapter 3 転写産物の発現を定量する
    (1)リファレンスゲノムにマッピングする方法①~HISAT2 + StringTie
    (2)リファレンスゲノムにマッピングする方法②~STAR + RSEM
    (3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法~salmon,kallisto,tximport
    (コラム)RNA-Seq 定量にまつわるFAQ
    (4)転写開始点を解析する方法~CAGE
    (コラム)各種ツールの実行時間比較

    Chapter 4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う~アセンブリからアノテーションまで
    (コラム)非モデル生物における機能アノテーション

    Chapter 5 発現変動遺伝子群を検出する

    Chapter 6 サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する~エンリッチメント解析
    (コラム)シングルセルクラスターの生物学的意義をGUIで解釈する~QIAGEN Ingenuity Pathways Analysis
    (コラム)アノテーション情報とID変換~Gene Ontology,BioMart,Spotfire

    Chapter 7 サンプル間の類似度を比較する
    (1)階層クラスタリング
    (2)主成分分析(PCA)
    (コラム)バルク解析とシングルセル解析

    Chapter 8 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)
    (1)ikraを使ったヒトやマウスのRNA-Seqデータメタ解析
    (2)非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析
    (コラム)ビブリオームを活用したマルチオミックス解析

    Chapter 9 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う~iDEP - ノーコードでRNA-Seq下流解析
    (コラム)RNA-Seqでのリード数はどれぐらい?

    Chapter 10 論文投稿に必須!データを登録・公開する~DRA,DDBJ,GEA
  • 出版社からのコメント

    料理も研究もはじめは定番レシピから! RNA-Seqならこの1冊
  • 内容紹介

    RNA-Seqデータの解析法が"料理レシピのように"step-by-stepでわかる好評書の改訂第2版です.
    Apple silicon搭載MacやWindows+Docker環境を前提にしたほか,リファレンスゲノムを用いない解析やメタ解析をさらに充実.

    「サンプルXにはどんな種類の細胞が含まれる?」
    「サンプルYとサンプルZの違いを規定する遺伝子はなに?」
    といった医学・生命科学研究でよく出会うquestionにこれからRNA-Seqでアプローチする方にも,解析法をアップデートしたい方にも,三ツ星おすすめの"超"鉄板レシピが満載です.

    著者から更新情報が届く「Annual Updateサービス(※)」も付録しています.
    ※ 出版1年後を初回として,以降1年ごとに1回,計3回(3年間)の更新を予定

    Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える
    Chapter 2 データを入手する
    Chapter 3 転写産物の発現を定量する
    Chapter 4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
    Chapter 5 発現変動遺伝子群を検出する
    Chapter 6 サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する
    Chapter 7 サンプル間の類似度を比較する
    Chapter 8 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)
    Chapter 9 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う
    Chapter 10 論文投稿に必須!データを登録・公開する
  • 著者について

    坊農 秀雅 (ボウノウ ヒデマサ)
    広島大学 大学院統合生命科学研究科 特任教授

改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実(実験医学別冊) の商品スペック

商品仕様
出版社名:羊土社
著者名:坊農秀雅(編)
発行年月日:2023/09
ISBN-10:4758122679
ISBN-13:9784758122672
旧版ISBN:9784758122436
判型:B5
発売社名:羊土社
対象:専門
発行形態:単行本
内容:医学・薬学・歯学
付録:有
言語:日本語
ページ数:302ページ
その他:Annual Updateサービスの登録コード
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